1992年，日本政府在關西筑波成立了國際哥斯拉戰(zhàn)略中心。世界科技精英齊聚一堂，研究G級超級武器——機械哥斯拉。當戴曾博士率領的檢查組抵達阿杜諾亞島時，他們發(fā)現(xiàn)了一個完整無損的卵子。當成員們把雞蛋帶回京都時，飛翼龍納頓出現(xiàn)并襲擊了檢查組。這時，哥斯拉也出現(xiàn)在阿杜諾亞島上，兩只怪物從海上向陸地展開了戰(zhàn)斗
