2008年6月6日，新基因軍空降一支先遣部隊(duì)前往地球。經(jīng)過兩個(gè)月的活動(dòng)，它于8月1日正式開始攻擊地球。8月29日，辛根占領(lǐng)了達(dá)喀爾，并吸收了大量的舊公國軍隊(duì)和泰坦殘余勢(shì)力。后來，情況變得無法控制。10月31日，新基因?qū)嵤┝诵l(wèi)星墜毀戰(zhàn)術(shù)，最終迫使聯(lián)邦于11月24日同意將殖民地衛(wèi)星群SIDE3移交給新基因，作為基因退出地球的條件。然而，哈曼的政治和軍事戰(zhàn)略并不能得到所有追隨者的認(rèn)可。格雷米是新吉恩手下的一名年輕軍官，他在圣誕節(jié)反抗哈曼，因?yàn)樗嘈乓衽d吉恩，帶領(lǐng)他的部隊(duì)從斧頭中獨(dú)立出來。在這一系列重大變化所造成的復(fù)雜局勢(shì)中，代表聯(lián)邦作戰(zhàn)的軍事組織奧古在布拉德領(lǐng)導(dǎo)的領(lǐng)導(dǎo)下繼續(xù)其艱苦的斗爭(zhēng)。在這一時(shí)期成為奧古斯都主力的戰(zhàn)士是一群來自殖民衛(wèi)星的孩子，由一個(gè)名叫賈多·阿西塔的男孩帶領(lǐng)。賈多的飛機(jī)是阿納海姆學(xué)會(huì)以加繆為中心開發(fā)的Z計(jì)劃的最終產(chǎn)品——可變移動(dòng)套裝MSZ-010 Gundam ZZ。賈多的情人魯魯卡登上了Z Gundam，他的同伴也登上了Gundam MK II等型號(hào)。和阿姆羅和加繆一樣，捷達(dá)也是一個(gè)強(qiáng)大的新類型，但似乎也正是因?yàn)槿绱耍瘎∈录@著他展開：在戰(zhàn)場(chǎng)上與她接觸的新基因新類型女孩普魯，以及普魯?shù)目寺∪似蒸?（發(fā)音為普魯），與捷達(dá)產(chǎn)生共鳴，消除敵意，但隨后為了保護(hù)捷達(dá)而相繼死去。。。在露露的鼓勵(lì)下，杰塔終于擺脫了挫折，同時(shí)，露露也創(chuàng)造了殺死新基因反抗軍首領(lǐng)格雷米的記錄。最終，在0089年1月17日，以八月為中心的聯(lián)邦軍隊(duì)對(duì)阿克西斯發(fā)動(dòng)了最后的進(jìn)攻。戰(zhàn)斗如火如荼地展開，為各自的理想和信念不懈地戰(zhàn)斗，賈多和哈曼展開了決斗。經(jīng)過一番激戰(zhàn)，哈曼-卡恩的死為這場(chǎng)動(dòng)亂畫上了句號(hào)。和平的曙光再次降臨，杰塔和魯踏上了前往木星的旅程。對(duì)他們來說，生與死的生命體驗(yàn)已經(jīng)結(jié)束，新的生命正在前方招手。然而，對(duì)于宇宙中的大多數(shù)普通人來說，真正的和平何時(shí)到來？