市建龍園高級中學(xué)又迎來了一個和平祥和的日子。一位名叫Lumu Yuan（由Yumu Bi配音）的大二女生和她的朋友Sayega美樹（由Hidamura秀吉配音）和仁美智珠（由Shinagai Ryoko配音）討論浪漫話題，享受年輕女孩的快樂青春。就在這時，一個叫小美彥（齋藤千和配音）的新生來到了班上，這個帶著一絲神秘氣質(zhì)的女孩讓小圓相當(dāng)困惑。在和Sayega一起放學(xué)回家的路上，小圓聽到了一個渾身傷痕累累的未知生物的呼救聲，而正是嚴(yán)小美在追趕它。在關(guān)鍵時刻，他們得到了魔法女孩巴瑪米（水橋翔之配音）的幫助，巴瑪米也是神奈原高中的學(xué)生，并了解到這個名叫丘比的生物有能力幫助人們成為神奇的女孩。女孩們無意中打開了通往另一個世界的大門。。。這部電影是《魔法女孩》的劇場版，分三部分上映，由電視版12集改編而成。