小町直也（由田村由香配音）是一名普通的高中三年級(jí)學(xué)生。一天，在上學(xué)的路上，她遇到了來(lái)自另一個(gè)世界的Yuno（水谷和樹配音），Midchiruda。Yuno告訴Na'ye，她正在尋找人類世界遺留下來(lái)的“圣石種子”的古老遺產(chǎn)。這件珍貴的珍寶蘊(yùn)藏著巨大的能量，如果無(wú)人看管，可能會(huì)對(duì)人類世界造成巨大的破壞。在經(jīng)歷了一系列的波折之后，娜雅變成了一個(gè)神奇的女孩，幫助尤諾取回了種子，踏上了一段充滿危險(xiǎn)和興奮的神奇旅程。一天，一個(gè)名叫菲特（由水木奈奈配音）的金發(fā)女孩出現(xiàn)在那霸面前。和那霸一樣，她也是一個(gè)收集種子的神奇女孩，這意味著他們的關(guān)系是一個(gè)競(jìng)爭(zhēng)對(duì)手。奈耶能打敗這么強(qiáng)大的對(duì)手嗎？對(duì)于巴菲特來(lái)說(shuō)，溫和努力的奈耶是一種怎樣的存在？