哥斯拉落入三元山后，日本過了五年平靜的生活，但自衛(wèi)隊打算利用哥斯拉的細胞制造對付哥斯拉，以防萬一；抗核細菌；（ANB），以及在與哥斯拉的戰(zhàn)爭中被摧毀的超級武器；超級_ X”；轉(zhuǎn)換為“；超級X2”此時，哥斯拉實際上在三元山再次開始移動，這在日本關(guān)東引發(fā)了地震，并導(dǎo)致白神博士殺死了與他的女兒細胞和玫瑰細胞混合的植物。因此，白神博士加入了ANB計劃，他將哥斯拉細胞與混合了她的女兒細胞和玫瑰細胞的植物結(jié)合在一起，創(chuàng)造了不朽的植物Biolanti。但在一次事件中，Biolanti被釋放，并在里德湖變得巨大。此時，哥斯拉在三元山爆炸后再次出現(xiàn)。自衛(wèi)隊無法阻止哥斯拉向東京進發(fā)，隨后派出了"；超級X2”；讓哥斯拉改變運動方向，但在哥斯拉的持續(xù)攻擊下"；Super X2也被擊敗了，但哥斯拉沒想到此時會向比奧蘭蒂的位置移動