一艘屬于美國的核潛艇在關(guān)島附近失蹤，日本后來證實(shí)該潛艇在事故中喪生。在調(diào)查過程中，國防軍甚至發(fā)現(xiàn)海底存在巨型生物。與此同時(shí)，新瀉高山、鹿兒島池田湖、小笠原群島等地區(qū)接連發(fā)生強(qiáng)烈地震和人員傷亡事件，50年前在日本制造巨大麻煩的哥斯拉恐怖記憶在人們心中死灰復(fù)燃。BS電視臺(tái)女記者麗華·尤里（新山千春飾演）目前正在與同事調(diào)查一系列怪物事件。從一位神秘老人的口中，她了解到所謂的哥斯拉實(shí)際上是太平洋戰(zhàn)爭中死去的人的鬼魂聚集在一起形成的怪物。核潛艇事故引發(fā)的核泄漏似乎意外喚醒了哥斯拉。同時(shí)它還喚醒了巴拉戈、莫斯拉和凱多拉，它們被稱為守護(hù)獸。日本國內(nèi)正面臨前所未有的災(zāi)難