X檔案關閉后，穆德（大衛(wèi)·杜喬夫尼飾）和斯科利（吉莉安·安德森飾）被分開。穆德受命擔任班長，斯科利回到學院學習。一天，國會議員馬特森（雷蒙德·J·巴里飾）向穆德透露了一條信息，稱他收到了波多黎各外星人的信息。為了在特種部隊面前找到外星人的證據(jù)，穆德獨自前往。得知這一消息的斯科利趕到穆德的住所，從電腦中的乘客名單中找到線索，并跟隨她前往波多黎各。但這名男子不久就去世了。穆德最終能找到外星人來訪的證據(jù)嗎？