繼續(xù)前一季的劇情，穆德上當(dāng)受騙，并在及時(shí)發(fā)現(xiàn)錯(cuò)誤后與斯庫(kù)利勾結(jié)，欺騙政府高級(jí)官員，潛入“普通聯(lián)邦調(diào)查局特工不應(yīng)進(jìn)入的地方”收集必要信息。這個(gè)賽季的發(fā)展越來(lái)越令人興奮。一些尚未完全改造的混血外星人聯(lián)合起來(lái)抵抗殖民陰謀。斯庫(kù)莉被綁架時(shí)子宮被摘除，但今年她的孩子艾米莉出現(xiàn)了。今年，制作團(tuán)隊(duì)甚至找了兩位著名的科幻作家來(lái)寫(xiě)兩集劇本。今年還有一集喜劇。為了配合電影的上映，整個(gè)X文件添加了一些角色和內(nèi)容?！靶恋霞印苯M織的陰謀越來(lái)越明顯，穆德再次接近真相。穆德前女友的出現(xiàn)也對(duì)穆德和斯庫(kù)利的關(guān)系構(gòu)成了重大考驗(yàn)。當(dāng)吸煙者燒掉所有的X檔案時(shí)，這個(gè)季節(jié)結(jié)束了。
