1992年，一個飛碟突然出現在日本上空。不明飛行物留下了三名自稱來自23世紀地球聯合會的官員。他們要求與日本領導人直接對話，敦促日本盡快消滅哥斯拉，防止未來的亡國命運。專門研究各種神秘事件的寺澤賢一郎（豐原工部）在未來寫了《哥斯拉的誕生》一書，揭示了這個可怕怪物誕生的秘密。根據這本書的記錄，未來的人們提議在1944年用時光機將Kenichiro、在太平洋戰(zhàn)爭期間目睹哥斯拉的恐龍專家Makasaki Yoshihiro（佐佐木信彥飾）和國家超級科學研究中心成員Mizuki Weixi（小坂美由美飾）帶回拉各斯島，試圖將哥斯拉傳播到其他地方。寺澤和他的團隊在行動中取得了成功，但在20世紀，另一個怪物——三頭金龍王出現了。在各種奇怪的事件背后，一場可怕的危機突然降臨