美國(guó)深海探測(cè)潛艇“賽倫1號(hào)”在執(zhí)行例行任務(wù)時(shí)墜毀。當(dāng)局命令潛艇設(shè)計(jì)師（主角）組織一個(gè)由士兵和各種科學(xué)家組成的小團(tuán)隊(duì)登上另一艘同類型的潛艇“賽人2號(hào)”，營(yíng)救“賽人1號(hào)”。成員中包括兩名女性，其中一名是潛艇設(shè)計(jì)師的前妻。搜索線索是“賽倫1號(hào)”上的一個(gè)“黑匣子”。救援隊(duì)隨后駛向一條非常隱蔽的戰(zhàn)壕。途中，黃色潛艇被一個(gè)巨大的白色不明物體包圍，船長(zhǎng)用電擊將怪物趕走。三名潛水員外出調(diào)查，發(fā)現(xiàn)這里的海藻發(fā)生了突變，突變幅度驚人。一名潛水員被藏在海藻林中的一種奇怪生物殺死，另外兩名幸存者在返回潛艇之前收集了一些變異的海藻。為了避免變異生物的攻擊，潛艇進(jìn)入戰(zhàn)壕內(nèi)部進(jìn)行探測(cè)。然而，人們發(fā)現(xiàn)在溝渠底部有一個(gè)巨大的洞。潛艇浮出水面，船員們穿著類似宇航服的特殊防護(hù)服進(jìn)入這個(gè)深洞穴。他們發(fā)現(xiàn)里面有人工挖掘的痕跡，里面充滿了變異的生物，有些像巨型蜜蜂，有些像海蛇和恐龍的雜交種。所有生物都攜帶劇毒物質(zhì)。在駐潛艇通信指揮官的指示下，隊(duì)員們繼續(xù)深入挖掘，尋找丟失的黑匣子。然而，當(dāng)他們?cè)诙囱ㄑ策墪r(shí)，一只外星怪物刺穿了一名成員的防護(hù)罩，進(jìn)入了他的身體，迫使成員開槍打死了他。與此同時(shí)，潛艇上的變異海藻侵入了潛艇上的飲用水系統(tǒng)，當(dāng)暴露在海藻或被海藻污染的飲用水中時(shí)，會(huì)逐漸被侵蝕，變成海藻飼料，導(dǎo)致一名雜工因感染而死亡。隊(duì)員們劃著橡皮筏回到潛艇，被水中的外星人一一淘汰。潛艇設(shè)計(jì)師、兩名女性團(tuán)隊(duì)成員和一名男性科學(xué)家繼續(xù)在洞穴中進(jìn)行調(diào)查。他們發(fā)現(xiàn)了一個(gè)實(shí)驗(yàn)室，在一具木乃伊面前的電腦上發(fā)現(xiàn)了所有的秘密。事實(shí)證明，這條戰(zhàn)壕是美國(guó)政府為研究生物武器而放棄的秘密基地?？茖W(xué)家通過基因雜交生產(chǎn)了大量生物武器，但由于未知原因，實(shí)驗(yàn)發(fā)生了意外。所有的科學(xué)家都被這些生物殺死了，沒有一個(gè)幸免。他們?cè)噲D轟炸實(shí)驗(yàn)基地，結(jié)果在基因交換室里遇到了最可怕的怪物——一只垂直掛在墻上的多足海星。當(dāng)每個(gè)人都用步槍抵抗這只海星時(shí)，一名男性科學(xué)家被海星的巨大觸角卷走，而一名女性團(tuán)隊(duì)成員被海星吸入入口。。。任務(wù)結(jié)束，這對(duì)老情侶回到了潛艇上，但被一直呆在潛艇里的通信指揮官攔截，并透露了真相：實(shí)際上沒有黑匣子，這次行動(dòng)的真正目的是取回生物實(shí)驗(yàn)的信息光盤，于是，他逐漸引導(dǎo)隊(duì)員們靠近嗜血的實(shí)驗(yàn)室，第一批返回的隊(duì)員中有兩人本可以免受外星人的攻擊。也是他把艙門鎖上了，讓兩名隊(duì)員被外星人活著拉下水。。。通信指揮官實(shí)現(xiàn)了他的總體計(jì)劃，將幸存的三個(gè)人鎖定在船艙里：老鴛鴦和船長(zhǎng)，他們寄生著變異的海藻。幸運(yùn)的是，潛艇設(shè)計(jì)師把致命的CD留在了他手中，并提議與通信指揮官合作，將其騙入船艙，并被海藻感染，導(dǎo)致他死亡。當(dāng)幸存者逃離危險(xiǎn)區(qū)時(shí)，他們發(fā)現(xiàn)船長(zhǎng)并沒有跟隨他們進(jìn)入逃生艙。上尉告訴他們，他在剛剛制服通信指揮官時(shí)意外感染了海藻，并決定犧牲自己來摧毀這個(gè)秘密基地。最后，這對(duì)夫婦帶著一張CD和一個(gè)逃生艙逃離了恐怖的深淵，返回陸地揭露政府的陰謀，而船長(zhǎng)啟動(dòng)了潛艇的自毀系統(tǒng)，炸毀了海溝的出口，并永久封鎖了海洋深淵中的變異生物。