美國深海探測潛艇“賽倫1號”在執(zhí)行例行任務時墜毀。當局命令潛艇設計師（主角）組織一個由士兵和各種科學家組成的小團隊登上另一艘同類型的潛艇“賽人2號”，營救“賽人1號”。成員中包括兩名女性，其中一名是潛艇設計師的前妻。搜索線索是“賽倫1號”上的一個“黑匣子”。救援隊隨后駛向一條非常隱蔽的戰(zhàn)壕。途中，黃色潛艇被一個巨大的白色不明物體包圍，船長用電擊將怪物趕走。三名潛水員外出調查，發(fā)現(xiàn)這里的海藻發(fā)生了突變，突變幅度驚人。一名潛水員被藏在海藻林中的一種奇怪生物殺死，另外兩名幸存者在返回潛艇之前收集了一些變異的海藻。為了避免變異生物的攻擊，潛艇進入戰(zhàn)壕內部進行探測。然而，人們發(fā)現(xiàn)在溝渠底部有一個巨大的洞。潛艇浮出水面，船員們穿著類似宇航服的特殊防護服進入這個深洞穴。他們發(fā)現(xiàn)里面有人工挖掘的痕跡，里面充滿了變異的生物，有些像巨型蜜蜂，有些像海蛇和恐龍的雜交種。所有生物都攜帶劇毒物質。在駐潛艇通信指揮官的指示下，隊員們繼續(xù)深入挖掘，尋找丟失的黑匣子。然而，當他們在洞穴巡邏時，一只外星怪物刺穿了一名成員的防護罩，進入了他的身體，迫使成員開槍打死了他。與此同時，潛艇上的變異海藻侵入了潛艇上的飲用水系統(tǒng)，當暴露在海藻或被海藻污染的飲用水中時，會逐漸被侵蝕，變成海藻飼料，導致一名雜工因感染而死亡。隊員們劃著橡皮筏回到潛艇，被水中的外星人一一淘汰。潛艇設計師、兩名女性團隊成員和一名男性科學家繼續(xù)在洞穴中進行調查。他們發(fā)現(xiàn)了一個實驗室，在一具木乃伊面前的電腦上發(fā)現(xiàn)了所有的秘密。事實證明，這條戰(zhàn)壕是美國政府為研究生物武器而放棄的秘密基地。科學家通過基因雜交生產了大量生物武器，但由于未知原因，實驗發(fā)生了意外。所有的科學家都被這些生物殺死了，沒有一個幸免。他們試圖轟炸實驗基地，結果在基因交換室里遇到了最可怕的怪物——一只垂直掛在墻上的多足海星。當每個人都用步槍抵抗這只海星時，一名男性科學家被海星的巨大觸角卷走，而一名女性團隊成員被海星吸入入口。。。任務結束，這對老情侶回到了潛艇上，但被一直呆在潛艇里的通信指揮官攔截，并透露了真相：實際上沒有黑匣子，這次行動的真正目的是取回生物實驗的信息光盤，于是，他逐漸引導隊員們靠近嗜血的實驗室，第一批返回的隊員中有兩人本可以免受外星人的攻擊。也是他把艙門鎖上了，讓兩名隊員被外星人活著拉下水。。。通信指揮官實現(xiàn)了他的總體計劃，將幸存的三個人鎖定在船艙里：老鴛鴦和船長，他們寄生著變異的海藻。幸運的是，潛艇設計師把致命的CD留在了他手中，并提議與通信指揮官合作，將其騙入船艙，并被海藻感染，導致他死亡。當幸存者逃離危險區(qū)時，他們發(fā)現(xiàn)船長并沒有跟隨他們進入逃生艙。上尉告訴他們，他在剛剛制服通信指揮官時意外感染了海藻，并決定犧牲自己來摧毀這個秘密基地。最后，這對夫婦帶著一張CD和一個逃生艙逃離了恐怖的深淵，返回陸地揭露政府的陰謀，而船長啟動了潛艇的自毀系統(tǒng)，炸毀了海溝的出口，并永久封鎖了海洋深淵中的變異生物。