1992年，日本政府在關(guān)西筑波成立了國(guó)際哥斯拉戰(zhàn)略中心。世界科技精英齊聚一堂，研究G級(jí)超級(jí)武器——機(jī)械哥斯拉。當(dāng)戴曾博士率領(lǐng)的檢查組抵達(dá)阿杜諾亞島時(shí)，他們發(fā)現(xiàn)了一個(gè)完整無(wú)損的卵子。當(dāng)成員們把雞蛋帶回京都時(shí)，飛翼龍納頓出現(xiàn)并襲擊了檢查組。這時(shí)，哥斯拉也出現(xiàn)在阿杜諾亞島上，兩只怪物從海上向陸地展開了戰(zhàn)斗