海昌是中國新興的沿海城市，也是外國間諜組織關(guān)注的焦點。隨著國家安全局一名間諜的意外失蹤，一場反間諜戰(zhàn)爭開始了。李導(dǎo)演（吳剛飾演）指示吳梅（劉佳飾演）組成專案組進(jìn)行調(diào)查。一艘漁船不小心在我的“探索一號”科考船附近撿到了一只形狀奇特的“水母”。深海研究所總工程師岳誠（李金榮飾）帶領(lǐng)一批專家展開攻關(guān)，外國特務(wù)頭目彼得森命令海昌的臥底王偉濤（王志文飾）不惜一切代價奪回水母體內(nèi)隱藏的核心秘密。經(jīng)過一番斗智斗勇，狡猾的王偉濤最終落入法律陷阱。然而，吳梅發(fā)現(xiàn)了隱藏在表面幫兇背后的更大陰謀。敵人向我國水域投放了多只水母，以竊取有關(guān)我國海洋的信息。吳梅意識到一個更大的對手即將出現(xiàn)