邁克爾·斯科菲爾德在完成了最后一幅刺青第二天，持槍搶劫了一家銀行。被捕后他非常合作地承認(rèn)了罪行，法官因此同意了他的要求，判處邁克爾在芝加哥近郊的?？怂购颖O(jiān)獄服刑五年。

邁克爾向獄友暗示逃獄的計(jì)劃，維斯特莫蘭嘲笑他坐牢三天就想越獄，而且另一個(gè)危機(jī)正在迫近，?？怂购颖O(jiān)獄的種族沖突已經(jīng)一觸即發(fā)。

薩拉·唐克瑞蒂醫(yī)生為邁克爾包扎了傷口，但為了不影響他的越獄計(jì)劃，邁克爾請求薩拉不要把這起事件報(bào)告為故意傷害。林肯和邁克爾借工作的機(jī)會討論挖掘的進(jìn)度，邁克爾決定測試室友蘇克雷能否保守...

患有精神疾病的“鐵絲”持續(xù)拒絕服藥，他對邁克爾身上的紋身產(chǎn)生了極大興趣，不但四處尾隨邁克爾，甚至撕扯衣服以臨摹那些紋身。

典獄管亨利·波普拒絕了邁克爾的遷移令，黑爾和克勒曼用一份機(jī)密文件“說服”了他。邁克爾、林肯、蘇克雷和阿布茲聚集在工棚里核對越獄的細(xì)節(jié)，他們并不知道邁克爾的遷移令已經(jīng)被批準(zhǔn)。

邁克爾的挖掘工作遇到了的阻礙：一道堅(jiān)實(shí)的水泥墻。雖然他有把握挖開它，但是一日多次的查房令他沒有辦法趕上預(yù)先計(jì)劃的越獄日程。

監(jiān)獄的暴動持續(xù)升級，邁克爾在通風(fēng)系統(tǒng)中拼盡全力向醫(yī)院方向爬去。犯人格斯向波普提出要盡快恢復(fù)空調(diào)系統(tǒng)，否則他們就對手中的人質(zhì)鮑勃和薩拉下手。

獄警貝里克不顧一切地要抓住殺害鮑勃的兇手，“背包”威脅邁克爾和阿布茲，一旦任何人供出了他，他要做的第一件事就是透露越獄計(jì)劃。

從新聞中得知兒子里杰背負(fù)雙重謀殺的罪名而出逃，林肯想起曾有人告訴他“父子之中只能活一個(gè)”的威脅，他懇求波普準(zhǔn)許他在監(jiān)控下出獄尋找兒子，但對這樣的請求，波普也無能為力。

阿布茲敦促邁克爾盡快透露證人斐波納契的下落，否則他們無法利用監(jiān)獄工廠的工作來掩護(hù)他們的越獄行動。

邁克爾等人的挖掘工作仍在繼續(xù)，“背包”無謂地挑起與“便條”的種族仇恨，這時(shí)望風(fēng)的蘇克雷警告大家獄警來了。

邁克爾完成了越獄計(jì)劃的準(zhǔn)備工作，所有的管道都已經(jīng)打通，這時(shí)在地面上，望風(fēng)的林肯發(fā)現(xiàn)獄警高里向警衛(wèi)室廢墟走來，為了贏得時(shí)間讓邁克爾爬出坑道，林肯向高里的臉上打去。

受傷的阿布茲被一架醫(yī)用直升飛機(jī)接走，前往芝加哥進(jìn)行救治。“背包”慶幸少了一個(gè)越獄者，“便條”補(bǔ)充說，少了兩個(gè)人。

絕望的“背包”拔出刀子威逼邁克爾，一定要帶他們逃出監(jiān)獄，但是新更換的管子把他們與病房中的林肯相隔開來。

千鈞一發(fā)之即，林肯的死刑被暫緩，原來發(fā)現(xiàn)了新的證據(jù)。副總統(tǒng)命令特工凱勒曼和薩曼莎查出誰走漏了情報(bào)，讓林肯逃過一劫。

林肯因無力償還債務(wù)，而被迫成為雇傭殺手。林肯趕到指定地點(diǎn)發(fā)現(xiàn)欲下手對象已中槍氣絕身亡，林肯最終被警方抓獲。

自燙傷事件后，邁克爾試圖憑著記憶還原被燙掉的藍(lán)圖，但難度巨大。莎拉將邁克爾背部有獄警衣物纖維一事報(bào)告給瓦登，瓦登找邁克爾談話，希望他能給自己一個(gè)合理解釋，邁克爾閉口不答被關(guān)禁閉。

邁克爾努力啟發(fā)“鐵絲”，希望借助他的記憶復(fù)原被燙毀的部分管道圖?！拌F絲”慢慢想起以前的事，邁克爾教他用催吐法躲過了每天必服的鎮(zhèn)靜藥。

翻車后林肯被甩出車外，頭破血流，多處受傷。特工坎勒曼駕車出現(xiàn)，準(zhǔn)備捂死無力反抗的他。另一個(gè)男人出其不意地打暈坎勒曼，拖走了林肯。

貝里克發(fā)現(xiàn)邁克爾等人挖的地洞驚駭不已，猝不及防間突遭威斯特莫蘭的襲擊，一番打斗后他被捆住扔進(jìn)地道，受傷的威斯特莫蘭告訴邁克爾，必須在今晚警衛(wèi)發(fā)現(xiàn)貝里克失蹤前逃走。

獄長被邁克爾軟禁在旁邊一個(gè)房間，邁克爾脅迫他打電話通知獄警將林肯送進(jìn)醫(yī)務(wù)室，剩下那些準(zhǔn)備越獄的人7點(diǎn)在邁克爾的牢房里面集合。

總統(tǒng)卻意外身亡，副總統(tǒng)大難不死，順理成章接替他登上寶座。芝加哥警察破門進(jìn)入薩拉家，發(fā)現(xiàn)她注射了過量嗎啡，倒在沙發(fā)上人事不省。維羅妮卡摸進(jìn)房子，出現(xiàn)在被林肯殺死的泰倫斯面前。