在紐約市的下水道里，四只小烏龜和一只小老鼠因接觸放射性凝膠而成為巨大的人性化生物。易怒但充滿激情的拉斐爾（喬什·派斯飾）、米開朗基羅（米其林·西斯蒂飾）、多納泰羅（萊夫·蒂爾登飾）和他們的領(lǐng)袖達(dá)·芬奇（大衛(wèi)·福曼飾），四只熟練的忍者龜都肩負(fù)著消除暴力、確保紐約市和平的神圣使命。他們的勇氣令人難以置信，他們的對手也不相上下。在經(jīng)歷了多次俠義行為后，他們與城市中的一個神秘組織結(jié)下了不解之緣。神秘組織發(fā)動突襲，由于寡不敵眾，忍者龜身受重傷。與此同時，他們的老師也被這個神秘的組織抓走了。